1장. 서문
1.1 들어가며
1.2 생명정보학이란?
1.3 책의 구성
2장. 파이썬 소개
2.1 파이썬의 특징
2.2 변수와 미리 정의된 함수
2.3 파이썬 코드 작성하기
2.4 파이썬 프로그램 개발
2.5 객체지향 프로그래밍
2.6 사전 정의된 클래스 및 메서드
참고 문헌과 추가 자료
연습 문제와 프로그래밍 프로젝트
3장. 세포 및 분자생물학의 기초
3.1 세포: 생명의 기본 단위
3.2 유전자 정보: 핵산
3.3 유전자: 유전 정보의 이산 단위
3.4 인간 유전체
3.5 생물 자원 및 데이터베이스
참고 문헌과 추가 자료
연습 문제
4장. 생물학적 서열의 기본적 처리
4.1 생물학적 서열: 표현과 기본 알고리즘
4.2 전사와 역상보
4.3 번역
4.4 가능성 있는 유전자 찾기: 오픈 리딩 프레임
4.5 하나로 합체
4.6 생물학 서열의 클래스
4.7 바이오파이썬으로 서열 처리
4.8 바이오파이썬의 서열 주석 객체
연습 문제와 프로그래밍 프로젝트
5장. 서열 데이터에서 패턴 찾기
5.1 소개: 생명정보학에서 패턴 찾기의 중요성
5.2 고정된 패턴을 찾는 단순한 알고리즘
5.3 휴리스틱 알고리즘: 보이어-무어
5.4 결정적 유한 오토마타
5.5 정규표현식으로 유연한 패턴 찾기
참고 문헌과 추가 자료
연습 문제와 프로그래밍 프로젝트
6장. 쌍 서열 정렬
6.1 소개: 서열 비교와 서열 정렬
6.2 시각화 정렬: 점 도표
6.3 서열 정렬의 최적화 문제
6.4 전역 정렬을 위한 동적 프로그래밍 알고리즘
6.5 지역 정렬을 위한 동적 프로그래밍 알고리즘
6.6 서열 정렬의 특별한 경우
6.7 바이오파이썬을 활용한 쌍 서열 정렬
참고 문헌과 추가 자료
연습 문제와 프로그래밍 프로젝트
7장. 데이터베이스에서 유사한 서열 찾기
7.1 소개
7.2 BLAST 알고리즘과 프로그램
7.3 구현한 BLAST 이식
7.4 바이오파이썬을 통한 BLAST 사용
참고 문
★ 주요 특징 ★
■ 컴퓨터 프로그래밍 관련 지식이 없는 학생도 이해할 수 있는 서술 방식
■ 저자들이 12년 이상 강의에 활용했던 교육 자료에 바탕을 둔 내용 구성
■ 다운로드할 수 있는 코드와 실행 가능한 예제 제공
★ 이 책의 구성 ★
이 책은 큰 주제에 따라 네 부분으로 나뉜다. 각 주제는 특정 주제를 다루는 각각의 장으로 구분된다.
첫 번째 부분은 1장에서 3장으로, 1장에서는 생명정보학 분야를 소개하고 관련 개념과 정의를 제공한다. 2장에서는 알고리즘과 파이썬(Python 프로그래밍 언어의 기본적인 사항을 알아본다. 3장에서는 이 책에서 배우는 알고리즘을 이해하는 데 필요한 생물학적 배경 지식을 소개한다.
두 번째 부분에서는 서열 분석과 관련된 여러 가지 문제를 해결하고 알고리즘을 소개하며 파이썬 함수를 사용해 해결하는 프로그램을 작성한다. 생명정보학의 주된 과제인 기본적인 서열 처리 및 분석에 관련된 전사 및 번역(4장, 서열에서 패턴을 찾는 알고리즘(5장, 다중 서열 정렬 알고리즘(6장, 8장을 다룬다. 7장에서는 데이터 베이스에서 호몰로지(homology 서열을 검색하는 방법을 소개하고, 9장에서는 계통 발생학적 분석 알고리즘을 다루며, 10장과 11장에서는 결정론적, 확률적 알고리즘으로 생물학적 모티프를 찾는 방법을 살펴본다. 마지막으로 12장에서는 은닉 마르코프 모델을 생명정보학에 응용하는 방법을 배운다.
세 번째 부분에서는 차세대 서열 분석 데이터 분석을 위해 그래프 기반의 데이터 구조를 사용해 대규모 서열 분석을 수행하는 방법을 배운다. 이 부분은 데이터 구조와 알고리즘(13장에 대한 소개를 시작으로 그래프(14장를 사용해 생물학적 네트워크의 구축 및 탐색법을 다루고, NGS 데이터를 처리하는 알고리즘에 중점을 둔다. 15장에서는 리드(read로 전체 게놈을 어셈블리하는 작업을 처리하고, 16장에서는 참조 게놈과 정렬해본다.
네 번째 부분에서는 유익한 생명정보학 책과 온라인 강좌 자료를 제공한다. 17장에서는
