1장. DNA 복제는 유전체의 어디서부터 시작되는가?
__1,000마일의 여행
__복제 기점의 숨겨진 메시지
____DnaA 상자
____황금벌레의 숨겨진 메시지
____단어 세기
____빈번한 단어 문제
____Vibrio cholerae의 빈번한 단어
__더욱 놀라운 숨겨진 메시지
__숨겨진 메시지의 범람
____여러 유전체에서 숨겨진 메시지 찾기
____군집 찾기 문제
__DNA를 복제하는 가장 간단한 방법
__복제의 비대칭성
__정방향 및 역방향 반가닥의 독특한 통계
____숨어 있는 생물학적 현상 또는 통계적 우연?
____탈아민화
____비대칭 다이어그램
__다른 메시지보다 이해하기 어려운 일부 숨겨진 메시지
__대장균에서 DnaA 상자를 찾는 마지막 시도
__에필로그: ori 예측의 복잡성
__열린 문제
____박테리아 유전체의 다중 복제 기점
____고세균에서 복제 기점 찾기
____효모에서 복제 기점 찾기
____문자열에서 패턴 확률 계산
__충전소
____빈도 배열
____패턴과 숫자를 서로 변환하기
____정렬을 사용해 빈번한 단어 찾기
____군집 찾기 문제 해결
____미스매치를 포함한 자주 나오는 단어 문제 해결
____문자열 이웃 생성
____정렬로 미스매치를 포함한 빈번한 단어 찾기
__돌아가기
____Big - O 표기법
____문자열에서 패턴의 확률
____생물학에서 가장 아름다운 실험
____DNA 가닥의 방향성
____하노이 타워
____겹치는 단어 역설
__참고 문헌
2장. 분자 시계 역할을 하는 DNA 패턴은 무엇일까?
__우리는 시계 유전자를 갖고 있을까?
__생각보다 쉽지 않은 모티프 찾기
____저녁 요소 찾기
____모티프와 숨바꼭질
____모티프 검색: 무차별 대입 알고리듬
__모티프에 점수 매기기
____모티프에서 프로필 행렬과 컨센서스 문자열
____더 적절한 모티프 점수 계산 함수
____엔트로피와 모티프 로고
