《우주의 미아》 배경이 되는 사건을 요약하면 다음과 같다. 400여 년 전, 환태평양화산대와 대서양중앙해령화산대가 연이어 폭발하고 거대 지진이 오면서 대륙은 지각 변동을 일으켰고 많은 사람이 죽었다. 재난은 꼬리에 꼬리를 물고 이어져 세계 각국의 원전이 폭발하여 방사능이 유출되는 사고에 이르렀다. 방사능의 피해는 지구 전역으로 퍼졌고, 특히 바다 오염으로 인한 피해가 가장 심각했다. 그런 탓에 지구에서 살아남은 사람은 얼마 되지 않으며, 그나마 온전한 모습을 하고 있는 이도 드물었다. 지구 대재앙 이전부터 화성으로 이주해 살아가던 이주민들은 지구가 멸망하는 모습을 지켜보며 새로운 연합 정부를 구성한다.
《우주의 미아》 이야기의 시작은 화성 연합 정부에 ‘지구 탐사원’으로 등록된 보물 사냥꾼 하늬와 진의 지구 탐사 장면부터다. 그들은 지구의 환경 변화를 관찰, 조사하며 지구의 유물을 가져오는 역할을 맡고 있지만, 스스로를 ‘보물 사냥꾼’이라고 부르며 권력자들과 결탁해 지구 유물을 공공연하게 뒷거래하며 살아간다. 지구의 삶과 화성의 삶은 전혀 다르지만, 화성 연합 정부라는 조직 속에서 살아가는 인간 사회의 모습은 21세기 지구에서 살아가는 인간의 생활상과 크게 다르지 않아 보인다.
여느 날과 마찬가지로 보호복을 입고 지구에서 보물을 찾고 있던 하늬는 바닷속에 잠긴 도시에서 매우 진귀한 보물로 보이는 ‘빛나는 거울’을 발견한다. 하지만 또 다른 보물 사냥꾼이자 경쟁자인 진에 맞서 보물을 먼저 차지하기 위해 몸싸움을 벌인다. 하늬가 가까스로 보물을 손에 쥐려던 순간, 난데없이 한 아이가 빠른 속도로 하늬에게 달려들어 충돌한다. 아이의 이름은 미아. 방사능 오염이 심각한 지구 바닷속에서 난민 옷차림의 소녀 미아가 발견된 것이다. 보호복 없이는 도저히 생존할 수 없는 그곳에서 미아는 어떻게 살아남은 걸까? 생명과 같았던 할아버지를 잃고 자신의 인공 심장을 더 좋은 것으로 바꾸기 위해 애쓰는 하늬, 오래전 사라진 엄마 때문에 외로움과 함께 살아야 했던 진. 보