2096년, 전 세계를 휩쓴 인플루엔자 D의 감염으로부터 살아남은 인류의 생활공간이 된 무균 상태의 빅 블랙 큐브. ‘대분리’ 사건 이후, 사람들은 인플루엔자 감염을 막기 위해 세상과 격리된 채 자기 가족끼리 블랙 큐브의 유닛 안에서 생활하며, 다른 사람들과는 오로지 가상공간에서 이미지로만 만날 수 있다. 학습은 물론 온라인에서 이루어지고, 식량이나 필요한 물품은 모두 드론 시스템을 이용하여 각 가정의 유닛에 설치된 튜브를 통해 배송받는다. 수술을 포함한 모든 의료 행위도 드론을 이용하여 원격 진료로 해결하는 등 빅 블랙 큐브 안에서의 생활은 오로지 드론으로 유지되고 통제된다.
의사가 되기 위한 첫 시험을 준비하고 있는 열두 살 클레오는 밀폐된 블랙 큐브 안에서 온라인으로 학습하고 시뮬레이션이라는 가상의 공간에서만 친구를 만날 수 있는 닫힌 세계에서 살고 있다. 어느 날 클레오는 튜브를 통해 수상쩍은 소포 하나를 받는다. 주소는 맞지만 수신자는 모르는 사람이다. 물건이 잘못 배달되는 일 따위는 이곳 블랙 큐브 안에서는 일어날 수 없는데 어찌된 일일까? 뛰어난 드론 외과의사인 어머니 덕분에, 클레오는 빨간 포장지로 싸인 상자는 그 내용물이 약이라는 걸 알고 있다. 코앞에 닥친 의사 시험에도 불구하고 그 약이 없으면 곧 죽게 될 환자가 걱정되어 클레오는 공부에 집중하지 못하고 유효기간 안에 약을 전달할 방법을 찾으려고 애쓴다. 온갖 궁리 끝에 직접 약을 전달할 계획을 세운 클레오는 완벽하게 통제된 빅 블랙 큐브의 세계에서 벗어나 바깥세상으로 첫 걸음을 내디딘다.
한 치의 오차도 없이 작동되는 드론들과 싸우며, 의도치 않게 거대한 아파트 건물 밖 쓰레기 더미에 떨어진 클레오는 상상해 본 적 없는 바깥세상을 마주하고 혼란에 빠진다. 그리고 대분리 사건 때 살아남았지만 세상과 격리되기를 거부하며 바깥세상에서 살고 있던 앤지 할머니를 통해 새로운 깨달음을 얻는다. 이제부터 클레오는 부모나 어른들이 정해 주는 인생을 따르지 않고 스스로 생각하고 판단하여 자신만의
